Las organizaciones de autónomos ATA y UPTA denunciaron las diferencias existentes entre las afiliaciones a la Seguridad Social por parte de los autónomos y los datos de la EPA. Las primeras reflejan una evolución más favorable en lo que se refiere al número de nuevas altas de autónomos. 
Desde ATA apuntan que les resulta extraño que “la tendencia de la EPA en cuanto a a los trabajadores por cuenta propia no se corresponde con la evolución que marca la Seguridad Social”. Esgrimen que la EPA arroja un crecimiento de 12.400 autónomos al trimestre y un descenso interanual de 52.200 autónomos, mientras que la afiliación a la Seguridad Social por trimestre refleja un aumento de 56.782 personas y de 73.471 emprendedores interanuales.
Otro dato en el que no coinciden es en el número de ocupados por cuenta propia en el segundo trimestre del año. Mientras que la EPA recoge 3.026.700 autónomos, en el Régimen Especial de Trabajadores Autónomos (RETA) aparecieron en junio 3.115.747. ATA considera que se está poniendo fin a la economía sumergida, aunque detectan a 89.000 autónomos afiliados a la Seguridad Social que abonan sus cuotas sin estar ocupados.
Por su parte, UPTA ha valorado de manera positiva el incremento de autónomos que aparecen en la EPA. Esto demuestra, en su opinión, que el autoempleo es una de las pocas formas que existen para acceder al mercado laboral. Las diferencias entre los registros de la Seguridad y la EPA demuestran para UPTA que hay un “número más que importante de autónomos que, aunque siguen pagando sus cuotas de Seguridad Social para evitar perder sus derechos consolidados, sin embargo no mantienen una actividad continuada”, apunta Sebastián Reyna, secretario general de UPTA.
Reyna declaró que el crecimiento trimestral de autónomos durante el segundo trimestre del año es cuatro veces inferior al mismo periodo del año pasado.